解决这个问题的方法是使用AWS的Route 53服务来配置你的DNS记录，并创建一个别名记录集（Alias record set）来将根域指向负载均衡器。以下是一个示例代码：

import boto3

def create_alias_record_set(domain_name, alias_target):
    client = boto3.client('route53')

    # 获取根域的Hosted Zone ID
    response = client.list_hosted_zones_by_name(DNSName=domain_name)
    hosted_zone_id = response['HostedZones'][0]['Id']

    # 创建Alias记录集
    response = client.change_resource_record_sets(
        HostedZoneId=hosted_zone_id,
        ChangeBatch={
            'Changes': [
                {
                    'Action': 'UPSERT',
                    'ResourceRecordSet': {
                        'Name': domain_name,
                        'Type': 'A',
                        'AliasTarget': {
                            'HostedZoneId': alias_target['HostedZoneId'],
                            'DNSName': alias_target['DNSName'],
                            'EvaluateTargetHealth': False
                        }
                    }
                }
            ]
        }
    )

    print(response)

# 调用函数来创建Alias记录集
create_alias_record_set('example.com', {
    'HostedZoneId': 'your-load-balancer-hosted-zone-id',
    'DNSName': 'your-load-balancer-dns-name'
})

上述代码使用AWS SDK for Python（Boto3）来与Route 53服务进行交互。你需要替换your-load-balancer-hosted-zone-id和your-load-balancer-dns-name为你实际的负载均衡器的Hosted Zone ID和DNS名称。

通过这个方法，你可以将根域名指向负载均衡器，并解决SSL证书未覆盖根域的问题。