要在EC2实例上使用AWS Systems Manager Run Command执行.exe文件，您可以按照以下步骤操作：

1. 在AWS管理控制台中，导航到“系统管理器”服务。

2. 在左侧导航栏中选择“运行命令”。

3. 单击“创建命令”。

4. 在“命令”部分，选择“自定义”命令类型。

5. 在“命令文本”框中，输入以下命令：

powershell.exe -NoProfile -ExecutionPolicy Bypass -Command "Start-Process -FilePath 'C:\path\to\your\file.exe' -ArgumentList 'arguments if any' -Wait"

请确保将C:\path\to\your\file.exe替换为您想要在实例上执行的.exe文件的实际路径。如果您有任何命令行参数，可以在-ArgumentList参数后添加它们。

6. 在“目标”部分，选择您想要在其上执行命令的EC2实例。您可以通过选择实例ID、标签、资源组等来选择实例。

7. 在“选择目标”部分的“目标参数”字段中，选择“实例ID”。

8. 单击“高级”选项卡。

9. 在“超时”字段中，根据您的需求设置适当的超时值。

10. 单击“创建命令”。

AWS Systems Manager将向选定的EC2实例发送指令，以执行指定的.exe文件。您可以监视命令的执行状态，并在完成后查看输出和结果。

请注意，运行命令需要适当的IAM权限。您需要确保应用程序在EC2实例上具有足够的权限来执行.exe文件。