可以通过在事件规则中设置“wait_for_running_job”选项来解决这个问题。该选项将等待正在运行的作业完成后再触发自定义事件。以下是使用AWS SDK for Python(Boto3)的示例代码：

import boto3
import json

# 创建CloudWatch事件client
client = boto3.client('events')

# 定义CloudWatch事件规则
event_rule_name = 'my_event_rule'
event_rule_schedule = 'cron(0 10 * * ? *)' # 每天上午10点

event_rule = {
    'Name': event_rule_name,
    'ScheduleExpression': event_rule_schedule,
    'State': 'ENABLED',
    'Description': 'My event rule',
    'EventPattern': json.dumps({
        'source': ['myapp'],
        'detail-type': ['myevent']
    }),
    'Targets': [
        {
            'Arn': 'arn:aws:lambda:us-east-1:0123456789:function:my_lambda_function',
            'Id': 'my_lambda_target'
        }
    ],
    'WaitForRunningJob': True # 等待正在运行的作业完成后再触发自定义事件
}

# 创建CloudWatch事件规则
response = client.put_rule(**event_rule)

print('成功创建CloudWatch事件规则：{0}'.format(event_rule_name))

在上面的代码中，我们定义了一个名为“my_event_rule”的CloudWatch事件规则，它每天上午10点执行。在定义事件规则时，我们还设置了“WaitForRunningJob”选项，使其等待正在运行的作业完成后再触发自定义事件。

请注意，这仅适用于基于时间的CloudWatch事件规则。对于基于事件的规则，不需要设置此选项。