当使用Proguard进行代码混淆时，有时候会遇到Proguard未删除空文件的问题。这通常是由于Proguard配置文件中的规则不正确或者缺失导致的。下面是一些解决方法和代码示例：

1. 检查Proguard配置文件：确保Proguard配置文件中已经包含了删除空文件的规则。在配置文件中添加以下规则：

-keepdirectories

2. 检查代码中的保留规则：有时候，代码中的保留规则也可能导致Proguard未删除空文件。检查代码中的保留规则是否正确并及时删除不必要的规则。

3. 清理项目并重新构建：有时候，Proguard未删除空文件是由于构建缓存导致的。尝试清理项目并重新构建来解决问题。

4. 检查Android Gradle插件版本：确保使用的是最新版本的Android Gradle插件。有时候，旧版本的插件可能会导致Proguard未删除空文件。

以下是一个示例的Proguard配置文件：

# 保留应用程序入口类
-keep public class com.example.app.MainActivity

# 删除空文件
-keepdirectories

# 保留特定的类或方法
-keep class com.example.app.MyClass {
    public void myMethod();
}

# 保留特定的类或方法并防止其被混淆
-keepclassmembers class com.example.app.MyClass {
    public void myMethod();
}

使用以上解决方法和示例代码，应该能够解决Proguard未删除空文件的问题。