当使用深链接启动应用程序时，onNewIntent方法可能会被多次调用。这是因为当应用程序处于后台运行时，系统会使用FLAG_ACTIVITY_NEW_TASK标志启动应用程序并调用onNewIntent方法。

要解决这个问题，可以在onNewIntent方法中添加一个标志，以便只在第一次调用时执行所需的操作。可以使用SharedPreferences来存储这个标志。

以下是一个示例代码，演示如何在Android导航组件中使用深链接，并解决onNewIntent被多次调用的问题：

public class MainActivity extends AppCompatActivity {

    private static final String FIRST_TIME_KEY = "first_time_key";

    @Override
    protected void onCreate(Bundle savedInstanceState) {
        super.onCreate(savedInstanceState);
        setContentView(R.layout.activity_main);

        // 获取Intent中的数据
        Intent intent = getIntent();
        String action = intent.getAction();
        Uri data = intent.getData();

        // 处理深链接数据
        if (action != null && action.equals(Intent.ACTION_VIEW) && data != null) {
            // 检查是否是第一次调用onNewIntent方法
            SharedPreferences sharedPreferences = PreferenceManager.getDefaultSharedPreferences(this);
            boolean isFirstTime = sharedPreferences.getBoolean(FIRST_TIME_KEY, true);

            if (isFirstTime) {
                // 执行所需的操作
                // ...

                // 将标志设置为false，表示已经处理过深链接数据
                SharedPreferences.Editor editor = sharedPreferences.edit();
                editor.putBoolean(FIRST_TIME_KEY, false);
                editor.apply();
            }
        }
    }

    @Override
    protected void onNewIntent(Intent intent) {
        super.onNewIntent(intent);

        setIntent(intent); // 更新Intent对象

        // 处理深链接数据
        String action = intent.getAction();
        Uri data = intent.getData();

        if (action != null && action.equals(Intent.ACTION_VIEW) && data != null) {
            // 检查是否是第一次调用onNewIntent方法
            SharedPreferences sharedPreferences = PreferenceManager.getDefaultSharedPreferences(this);
            boolean isFirstTime = sharedPreferences.getBoolean(FIRST_TIME_KEY, true);

            if (isFirstTime) {
                // 执行所需的操作
                // ...

                // 将标志设置为false，表示已经处理过深链接数据
                SharedPreferences.Editor editor = sharedPreferences.edit();
                editor.putBoolean(FIRST_TIME_KEY, false);
                editor.apply();
            }
        }
    }
}

在这个示例中，我们使用SharedPreferences来存储一个标志，表示是否是第一次调用onNewIntent方法。在onCreate和onNewIntent方法中，我们都会检查这个标志。如果是第一次调用，则执行所需的操作，并将标志设置为false。这样，在后续的onNewIntent调用中，就不会执行重复的操作了。