在Android导航组件中，可以使用NavHostFragment和NavOptions来实现应用始终从起始目的地运行。

首先，在Activity的布局文件中添加一个NavHostFragment，用于承载导航目的地的容器。例如，可以在activity_main.xml中添加如下代码：

其中，app:navGraph指定了导航图，app:defaultNavHost="true"表示这是默认的导航宿主。

接下来，在Activity中使用NavController来获取导航控制器，并设置起始目的地。例如，在MainActivity的onCreate()方法中添加如下代码：

NavHostFragment navHostFragment = (NavHostFragment) getSupportFragmentManager().findFragmentById(R.id.nav_host_fragment);
NavController navController = navHostFragment.getNavController();

NavOptions navOptions = new NavOptions.Builder()
        .setPopUpTo(navController.getGraph().getStartDestination(), true)
        .build();

navController.navigate(navController.getGraph().getStartDestination(), null, navOptions);

在上述代码中，setPopUpTo()方法用于清除返回栈中的所有目的地，确保应用始终从起始目的地开始运行。

需要注意的是，上述代码中的R.id.nav_host_fragment是NavHostFragment在布局文件中的ID，R.navigation.nav_graph是导航图的资源ID，可以根据自己的项目进行相应的修改。

通过以上代码，应用将始终从起始目的地开始运行，并且返回栈中不会保留其他目的地的实例。