在Android底部导航栏上使用Deep Links和多个返回堆栈时，可以按照以下步骤进行解决：

1. 首先，在AndroidManifest.xml文件中为每个Deep Link添加一个Intent过滤器。例如：

2. 在底部导航栏的Activity中，使用onNewIntent()方法来处理Deep Link的跳转。例如：

@Override
protected void onNewIntent(Intent intent) {
    super.onNewIntent(intent);

    if (intent.getAction().equals(Intent.ACTION_VIEW)) {
        Uri uri = intent.getData();
        if (uri != null) {
            // 处理Deep Link的跳转逻辑
        }
    }
}

3. 在处理Deep Link跳转的逻辑中，可以根据需要创建新的返回堆栈。例如，使用TaskStackBuilder来创建新的返回堆栈，并启动相应的Activity。示例代码如下：

TaskStackBuilder stackBuilder = TaskStackBuilder.create(this);
stackBuilder.addNextIntentWithParentStack(intent);
stackBuilder.startActivities();

4. 如果需要在Deep Link跳转后保留原有的返回堆栈，可以使用FLAG_ACTIVITY_NEW_TASK和FLAG_ACTIVITY_CLEAR_TASK标志来启动新的Activity，并清除之前的堆栈。示例代码如下：

intent.setFlags(Intent.FLAG_ACTIVITY_NEW_TASK | Intent.FLAG_ACTIVITY_CLEAR_TASK);
startActivity(intent);

通过以上步骤，可以实现在Android底部导航栏上使用Deep Links和多个返回堆栈的功能。根据具体的需求，可以适当调整代码。