该问题可能是由于文件读取错误，或者Base64编码过程中出现错误引起的。以下是用Java进行PDF转换和Base64编码的示例代码：

try {
    InputStream inputStream = getContentResolver().openInputStream(uri);  // 从URI获取输入流
    byte[] bytes = new byte[inputStream.available()];    // 读取字节流
    inputStream.read(bytes);
    String encodedFile = Base64.encodeToString(bytes, Base64.DEFAULT);  // 转换为Base64字符串
} catch (FileNotFoundException e) {
    e.printStackTrace();
} catch (IOException e) {
    e.printStackTrace();
}

如果仍然出现错误，请确保已经正确地声明了文件读取和Base64编码所需的权限。例如，在AndroidManifest.xml中添加以下代码：

除此之外，还要注意编码和解码时使用的算法是否与所需的算法相匹配。例如，在使用Base64编码时，可以指定不同的编码方法，例如Base64.DEFAULT，Base64.NO_PADDING，Base64.NO_WRAP等。因此，请根据需要检查和调整算法。