这是由于Chrome浏览器默认打开PWA应用程序时添加到主屏幕的Web应用程序容器而不是直接打开应用程序。为了解决这个问题，需要为Web应用程序添加manifest.json文件，并确保在文件中设置了合适的浏览器标签。

以下是manifest.json文件的示例代码：

{
  "name": "My PWA App",
  "short_name": "MyApp",
  "start_url": "/index.html",
  "display": "standalone",
  "background_color": "#FFFFFF",
  "theme_color": "#2196F3",
  "icons": [
    {
      "src": "/icon.png",
      "sizes": "192x192",
      "type": "image/png"
    }
  ],
  "gcm_sender_id": "xxxxxxxxxxx"
}

在此示例中，我们指定了PWA应用程序的名称，短名称，启动URL，显示模式（独立模式），背景和主题颜色以及应用程序图标。此外，“gcm_sender_id”键也在manifest.json文件中添加，它在PWA应用程序中使用FCM推送通知时需要。

通过在manifest.json文件中设置浏览器标记，Chrome浏览器将直接打开PWA应用程序，而不是显示站点设置。因此，只需在manifest.json文件中正确设置浏览器标记即可解决此问题。