当Android Studio中的MainActivity找不到自定义的Java类时，可以尝试以下解决方法：

1. 检查包名：确保自定义的Java类与MainActivity位于相同的包中。在Java类的顶部使用package语句指定包名，例如package com.example.myapp;。然后，确保MainActivity中的导入语句引用了正确的包名。

2. 检查类名：确保自定义的Java类的类名正确，并且与在MainActivity中引用该类时使用的类名一致。如果类名不一致，需要修改引用该类的代码。

3. 检查类的可见性：确保自定义的Java类的可见性与MainActivity的访问权限兼容。如果自定义的Java类是私有的，它只能在同一类中访问。如果自定义的Java类是公共的，它可以在任何地方访问。

4. 检查类的路径：如果自定义的Java类位于不同的模块或库中，需要确保在Android Studio的项目结构中正确配置了依赖关系。在项目结构中，可以使用模块依赖或库依赖来引用其他模块或库中的Java类。

以下是一个示例，假设自定义的Java类名为CustomClass，位于包com.example.myapp中：

package com.example.myapp;

public class CustomClass {
    // 自定义类的代码
}

在MainActivity中引用该类：

package com.example.myapp;

import android.support.v7.app.AppCompatActivity;
import android.os.Bundle;

public class MainActivity extends AppCompatActivity {
    @Override
    protected void onCreate(Bundle savedInstanceState) {
        super.onCreate(savedInstanceState);
        setContentView(R.layout.activity_main);

        CustomClass customObject = new CustomClass();
        // 使用自定义类的代码
    }
}

请根据自己的实际情况检查并修复代码中的问题，以解决MainActivity找不到自定义Java类的问题。