要在Android应用程序中使用NDK将数据写入SD卡文件，可以按照以下步骤：

1. 在Android项目的jni目录下，创建一个名为"native-lib.cpp"的C/C++源文件。

2. 在"native-lib.cpp"中，包含相关的头文件：

#include 
#include 
#include 

3. 在"native-lib.cpp"中，实现一个将数据写入SD卡文件的函数。以下是一个示例函数：

extern "C" JNIEXPORT void JNICALL
Java_com_example_myapplication_MainActivity_writeToSdCard(JNIEnv *env, jobject instance, jstring data) {
    const char *dataStr = env->GetStringUTFChars(data, nullptr);

    std::ofstream file("/sdcard/data.txt");
    if (file.is_open()) {
        file << dataStr;
        file.close();
    }

    env->ReleaseStringUTFChars(data, dataStr);
}

4. 在"native-lib.cpp"中，实现一个JNI_OnLoad函数。这个函数会在库加载时被调用，用于注册JNI函数：

JNIEXPORT jint JNICALL
JNI_OnLoad(JavaVM *vm, void *reserved) {
    JNIEnv *env;

    if (vm->GetEnv(reinterpret_cast(&env), JNI_VERSION_1_6) != JNI_OK) {
        return -1;
    }

    jclass clazz = env->FindClass("com/example/myapplication/MainActivity");
    if (clazz == nullptr) {
        return -1;
    }

    JNINativeMethod methods[] = {
        {"writeToSdCard", "(Ljava/lang/String;)V", reinterpret_cast(Java_com_example_myapplication_MainActivity_writeToSdCard)}
    };

    if (env->RegisterNatives(clazz, methods, sizeof(methods) / sizeof(methods[0])) < 0) {
        return -1;
    }

    return JNI_VERSION_1_6;
}

5. 在MainActivity.java中，声明一个native方法以调用JNI函数：

public class MainActivity extends AppCompatActivity {
    static {
        System.loadLibrary("native-lib");
    }

    public native void writeToSdCard(String data);

    // ...
}

6. 在需要写入SD卡的地方，调用writeToSdCard方法：

String data = "Hello, SD card!";
writeToSdCard(data);

注意：在进行SD卡操作前，你需要在AndroidManifest.xml文件中添加以下权限：

以上就是使用NDK在Android应用程序中自主地将数据写入SD卡文件的解决方法。请根据你的需求对代码进行适当的修改和调整。