在Android中，可以通过以下步骤根据用户设置以编程方式更改SourceSet：

1. 首先，在项目的build.gradle文件中，添加一个新的product flavor来表示用户设置。例如，假设我们有两种用户设置：debug和release。可以像下面这样定义product flavor：

android {
    // ...
    flavorDimensions "default"
    productFlavors {
        debug {
            // 设置debug模式的配置
        }
        release {
            // 设置release模式的配置
        }
    }
}

2. 然后，在app模块的build.gradle文件中，根据用户设置来更改SourceSet。例如，如果我们想在debug模式下更改某个SourceSet，可以使用以下代码：

android {
    // ...

    sourceSets {
        debug {
            java.srcDirs = ['src/debug/java']
        }
    }
}

这将将debug模式的java源代码目录更改为"src/debug/java"。同样，您可以根据需要更改其他SourceSet（例如，res、assets等）。

3. 最后，在代码中根据用户设置来访问相应的SourceSet。例如，可以使用以下代码在运行时检查当前的构建变体，并根据用户设置执行不同的操作：

if (BuildConfig.FLAVOR.equals("debug")) {
    // 在debug模式下执行操作
} else if (BuildConfig.FLAVOR.equals("release")) {
    // 在release模式下执行操作
}

通过这种方式，您可以根据用户设置以编程方式更改SourceSet，并根据需要执行不同的操作。请注意，在每次更改构建配置后，都需要重新构建项目以使更改生效。