要在Angular中使用ContentChildren跨模块获取指令输入和TemplateRef，可以按照以下步骤进行操作：

1. 创建一个模块（ModuleA），其中包含自定义指令和模板引用：

import { Directive, TemplateRef } from '@angular/core';

@Directive({
  selector: '[myDirective]'
})
export class MyDirective {
  constructor(public templateRef: TemplateRef) { }
}

// ModuleA.ts
import { NgModule } from '@angular/core';
import { MyDirective } from './my.directive';

@NgModule({
  declarations: [MyDirective],
  exports: [MyDirective]
})
export class ModuleA { }

2. 创建另一个模块（ModuleB），其中包含使用指令和模板引用的组件：

import { Component, ContentChildren, QueryList, AfterContentInit } from '@angular/core';
import { MyDirective } from './moduleA/my.directive';

@Component({
  selector: 'app-component-b',
  template: `
    Content 1
    Content 2
    Content 3
  `
})
export class ComponentB implements AfterContentInit {
  @ContentChildren(MyDirective, { descendants: true }) myDirectives: QueryList;

  ngAfterContentInit() {
    console.log(this.myDirectives);
    // 可以在这里访问到MyDirective指令的实例和关联的TemplateRef
  }
}

// ModuleB.ts
import { NgModule } from '@angular/core';
import { ModuleA } from './moduleA/moduleA';
import { ComponentB } from './componentB';

@NgModule({
  imports: [ModuleA],
  declarations: [ComponentB]
})
export class ModuleB { }

3. 在主模块中引入ModuleB并将组件B添加到模板中：

import { NgModule } from '@angular/core';
import { BrowserModule } from '@angular/platform-browser';
import { AppComponent } from './app.component';
import { ModuleB } from './moduleB/moduleB';

@NgModule({
  imports: [BrowserModule, ModuleB],
  declarations: [AppComponent],
  bootstrap: [AppComponent]
})
export class AppModule { }

通过以上步骤，就可以在ComponentB中使用ContentChildren获取ModuleA中的MyDirective指令的实例和关联的TemplateRef。