下面是一个使用AnyLogic软件来存储不同代理在货架系统中的示例代码：

// 导入AnyLogic库
import com.anylogic.libraries.processmodeling.*;

// 创建货架系统代理类
class ShelfAgent extends Agent {
    // 定义货架编号和存储的物品
    int shelfNumber;
    String item;

    // 构造函数
    public ShelfAgent(int shelfNumber, String item) {
        super();
        this.shelfNumber = shelfNumber;
        this.item = item;
    }

    // 获取货架编号
    public int getShelfNumber() {
        return shelfNumber;
    }

    // 设置货架编号
    public void setShelfNumber(int shelfNumber) {
        this.shelfNumber = shelfNumber;
    }

    // 获取存储的物品
    public String getItem() {
        return item;
    }

    // 设置存储的物品
    public void setItem(String item) {
        this.item = item;
    }
}

// 主模型类
public class MainModel extends Main {
    // 货架代理数组
    ShelfAgent[] shelves;

    // 初始化模型
    public void init() {
        super.init();

        // 创建3个货架代理并存储不同物品
        shelves = new ShelfAgent[3];
        shelves[0] = new ShelfAgent(1, "物品A");
        shelves[1] = new ShelfAgent(2, "物品B");
        shelves[2] = new ShelfAgent(3, "物品C");

        // 输出货架信息
        for (ShelfAgent shelf : shelves) {
            System.out.println("货架编号: " + shelf.getShelfNumber());
            System.out.println("存储物品: " + shelf.getItem());
        }
    }

    // 运行模型
    public void run() {
        super.run();
    }

    // 停止模型
    public void stop() {
        super.stop();
    }

    // 主函数
    public static void main(String[] args) {
        // 创建主模型对象并运行
        MainModel model = new MainModel();
        model.start();
    }
}

在上述代码中，我们创建了一个名为ShelfAgent的货架代理类，它包含了货架的编号和存储的物品。然后在主模型类MainModel中，我们创建了一个货架代理数组并初始化了3个货架代理，每个代理存储不同的物品。最后，我们输出了每个货架的信息。

请注意，这只是一个使用AnyLogic软件进行模型建模的示例代码，具体的应用场景和逻辑还需要根据实际需求进行进一步开发和调整。