要在Android NDK中获取二进制文件的MD5，可以使用以下步骤和代码示例：

1. 导入所需的库文件和头文件。在Android.mk文件中添加以下行：

LOCAL_LDLIBS := -lmd
LOCAL_C_INCLUDES := $(LOCAL_PATH)/include

2. 在你的.c或.cpp文件中，包含以下头文件：

#include 
#include 
#include 
#include 
#include 
#include 
#include 

3. 创建一个函数来计算二进制文件的MD5哈希值：

jstring Java_com_example_myapplication_MainActivity_calculateFileMD5(JNIEnv *env, jobject instance, jstring filePath) {
    const char *path = env->GetStringUTFChars(filePath, JNI_FALSE);

    int file = open(path, O_RDONLY);
    if (file < 0) {
        return env->NewStringUTF("");
    }

    MD5_CTX md5Context;
    MD5_Init(&md5Context);

    const int bufferSize = 4096;
    unsigned char buffer[bufferSize];
    ssize_t bytesRead;
    while ((bytesRead = read(file, buffer, bufferSize)) > 0) {
        MD5_Update(&md5Context, buffer, bytesRead);
    }

    unsigned char digest[MD5_DIGEST_LENGTH];
    MD5_Final(digest, &md5Context);

    close(file);

    char md5String[MD5_DIGEST_LENGTH * 2 + 1];
    for (int i = 0; i < MD5_DIGEST_LENGTH; i++) {
        sprintf(&md5String[i * 2], "%02x", (unsigned int)digest[i]);
    }

    return env->NewStringUTF(md5String);
}

4. 在你的Java代码中调用这个函数来获取文件的MD5哈希值：

public class MainActivity extends AppCompatActivity {

    static {
        System.loadLibrary("native-lib");
    }

    public native String calculateFileMD5(String filePath);

    @Override
    protected void onCreate(Bundle savedInstanceState) {
        super.onCreate(savedInstanceState);
        setContentView(R.layout.activity_main);

        String filePath = "/path/to/your/file";
        String md5 = calculateFileMD5(filePath);

        Log.d("MD5", "MD5: " + md5);
    }
}

请确保将/path/to/your/file替换为你的实际文件路径。

这样，你就可以在Android NDK中获取二进制文件的MD5哈希值了。