这是一个使用Shiny包中的checkboxGroupInput函数生成多个图形的示例代码：

library(shiny)
library(ggplot2)

ui <- fluidPage(
  checkboxGroupInput("plots", "选择要显示的图形：", choices = c("散点图", "折线图", "柱状图"), selected = c("散点图")),
  plotOutput("plot")
)

server <- function(input, output) {
  output$plot <- renderPlot({
    if ("散点图" %in% input$plots) {
      # 生成散点图
      ggplot(mtcars, aes(x = mpg, y = wt)) + geom_point()
    }
    if ("折线图" %in% input$plots) {
      # 生成折线图
      ggplot(mtcars, aes(x = mpg, y = wt)) + geom_line()
    }
    if ("柱状图" %in% input$plots) {
      # 生成柱状图
      ggplot(mtcars, aes(x = cyl, fill = factor(gear))) + geom_bar(position = "dodge")
    }
  })
}

shinyApp(ui, server)

在上面的代码中，我们创建了一个包含checkboxGroupInput的Shiny应用程序。checkboxGroupInput用于创建一个复选框组，用户可以选择要显示的图形类型。然后，我们使用renderPlot函数和条件语句根据用户的选择生成相应的图形。在这个示例中，我们使用ggplot2包绘制了散点图、折线图和柱状图，根据用户的选择来显示不同的图形。