在Swift中，可以使用以下方式安全且优雅地在自定义数组中删除元素：

extension Array where Element: Equatable {
    mutating func remove(_ element: Element) {
        if let index = self.firstIndex(of: element) {
            self.remove(at: index)
        }
    }
}

// 示例用法
var array = [1, 2, 3, 4, 5]
array.remove(3)
print(array) // 输出: [1, 2, 4, 5]

上述代码示例中，我们通过扩展Array类型，并添加了一个remove方法。该方法的泛型约束要求数组中的元素必须遵循Equatable协议，即可进行相等比较。在remove方法中，我们首先使用firstIndex(of:)方法找到要删除元素的索引，然后使用remove(at:)方法删除该元素。如果要删除的元素不存在于数组中，firstIndex(of:)方法将返回nil，从而避免了数组越界的问题。

这种方式的好处是代码简洁且易于理解，同时也保证了安全性和优雅性。