您可以使用Array的sort()方法和自定义的比较函数来按照另一个数组对数组进行排序。

以下是一个示例代码：

// 原始数组
const arr1 = [3, 1, 4, 2];
// 参照数组
const arr2 = [4, 2, 1, 3];

// 自定义比较函数
function customSort(a, b) {
  const indexA = arr2.indexOf(a);
  const indexB = arr2.indexOf(b);
  // 如果a和b都在arr2中出现，则按照arr2中的顺序排序
  if (indexA !== -1 && indexB !== -1) {
    return indexA - indexB;
  }
  // 如果只有a在arr2中出现，则将a排在b的前面
  if (indexA !== -1) {
    return -1;
  }
  // 如果只有b在arr2中出现，则将b排在a的前面
  if (indexB !== -1) {
    return 1;
  }
  // 如果a和b都不在arr2中出现，则按照它们在原始数组中的顺序排序
  return arr1.indexOf(a) - arr1.indexOf(b);
}

// 使用自定义比较函数进行排序
const sortedArr = arr1.sort(customSort);

console.log(sortedArr); // 输出 [4, 2, 1, 3]

在这个示例中，我们定义了一个自定义的比较函数customSort，它首先检查要比较的两个元素是否都在arr2中出现。如果是，则根据它们在arr2中的顺序来排序。如果只有一个元素在arr2中出现，则将出现在arr2中的元素排在前面。如果两个元素都不在arr2中出现，则按照它们在原始数组arr1中的顺序进行排序。

最后，我们使用sort()方法和自定义的比较函数customSort对原始数组arr1进行排序，并将结果存储在sortedArr中。最后，我们打印sortedArr，输出排序后的数组。