在Apex中，复制应用程序会破坏所有工作区应用程序的问题可以通过以下代码示例进行解决：

public class ApplicationUtils {
    public static void cloneApplication(String sourceAppId, String targetAppId) {
        // 获取源应用程序的所有工作区应用程序
        List sourceWorkspaceApps = [
            SELECT Id, Name
            FROM WorkspaceApplication
            WHERE ApplicationId = :sourceAppId
        ];

        // 复制每个工作区应用程序到目标应用程序
        for (WorkspaceApplication sourceWorkspaceApp : sourceWorkspaceApps) {
            // 创建目标工作区应用程序
            WorkspaceApplication targetWorkspaceApp = new WorkspaceApplication();
            targetWorkspaceApp.ApplicationId = targetAppId;
            targetWorkspaceApp.Name = sourceWorkspaceApp.Name;
            insert targetWorkspaceApp;

            // 复制工作区应用程序的其他相关记录，例如字段映射、工作流规则等
            cloneFieldMappings(sourceWorkspaceApp.Id, targetWorkspaceApp.Id);
            cloneWorkflowRules(sourceWorkspaceApp.Id, targetWorkspaceApp.Id);
            // 其他需要复制的相关记录

            // 更新目标工作区应用程序的其他字段值
            updateTargetWorkspaceAppFields(targetWorkspaceApp);

            // 将复制的工作区应用程序添加到目标应用程序
            addWorkspaceApplicationToTargetApp(targetAppId, targetWorkspaceApp.Id);
        }
    }

    private static void cloneFieldMappings(Id sourceWorkspaceAppId, Id targetWorkspaceAppId) {
        // 复制字段映射逻辑
        // 例如：通过SOQL查询源工作区应用程序的字段映射，并创建新的字段映射记录并将其与目标工作区应用程序相关联
    }

    private static void cloneWorkflowRules(Id sourceWorkspaceAppId, Id targetWorkspaceAppId) {
        // 复制工作流规则逻辑
        // 例如：通过SOQL查询源工作区应用程序的工作流规则，并创建新的工作流规则记录并将其与目标工作区应用程序相关联
    }

    private static void updateTargetWorkspaceAppFields(WorkspaceApplication targetWorkspaceApp) {
        // 更新目标工作区应用程序的其他字段值
        // 例如：设置目标工作区应用程序的其他字段值，例如描述、图标等
    }

    private static void addWorkspaceApplicationToTargetApp(String targetAppId, Id targetWorkspaceAppId) {
        // 将复制的工作区应用程序添加到目标应用程序
        // 例如：创建目标应用程序与工作区应用程序之间的关联记录
    }
}

使用上述代码示例，可以通过调用ApplicationUtils.cloneApplication(sourceAppId, targetAppId)方法来复制应用程序并保留工作区应用程序。这样，源应用程序的工作区应用程序将被复制到目标应用程序中，并且可以执行其他相关操作，例如复制字段映射、工作流规则等。请根据实际需求进行适当的修改和调整。