在使用atlasAdmin角色时，无法使用MongoDB的重新索引命令。解决此问题的一种有效方法是使用admin角色，然后使用命令参数“db.command”来运行MongoDB的reIndex命令。以下是Python脚本示例：

from pymongo import MongoClient

client = MongoClient('mongodb://USERNAME:PASSWORD@HOST:PORT/DBNAME')

# 获取管理员数据库实例
admin_db = client.admin

# 使用admin角色登录
admin_db.authenticate('USERNAME', 'PASSWORD', mechanism='SCRAM-SHA-256', source='admin')
db = client.DBNAME

# 使用db.command运行reIndex命令
db.command('reIndex')

请注意，你需要将示例代码中的USERNAME，PASSWORD，HOST，PORT和DBNAME替换为你的MongoDB连接信息。此代码将使用admin角色来运行重新索引命令，因此在运行脚本之前请确保你具有admin角色的正确权限。