在ASP.NET Core 3.1中，可以通过以下步骤将多个AuthenticationScheme下的ClaimsIdentity进行转换：

首先，确保在ConfigureServices方法中配置了多个AuthenticationScheme。例如：

services.AddAuthentication()
    .AddCookie("CookieAuthScheme")
    .AddJwtBearer("JwtAuthScheme", options =>
    {
        // 配置JWT验证选项
    });

然后，在需要进行ClaimsIdentity转换的地方，可以使用AuthenticationHttpContextExtensions.AuthenticateAsync方法来验证和获取ClaimsIdentity。例如：

var cookieAuthResult = await HttpContext.AuthenticateAsync("CookieAuthScheme");
var jwtAuthResult = await HttpContext.AuthenticateAsync("JwtAuthScheme");

if (cookieAuthResult.Succeeded && jwtAuthResult.Succeeded)
{
    var cookieIdentity = cookieAuthResult.Principal.Identity as ClaimsIdentity;
    var jwtIdentity = jwtAuthResult.Principal.Identity as ClaimsIdentity;

    // 执行ClaimsIdentity的转换操作
    // ...

    // 根据需要，可以在新的ClaimsIdentity中添加额外的声明
    // ...

    // 创建新的ClaimsPrincipal
    var newClaimsPrincipal = new ClaimsPrincipal(newClaimsIdentity);

    // 使用新的ClaimsPrincipal进行身份验证
    await HttpContext.SignInAsync(newClaimsPrincipal);
}

在上述代码中，我们使用AuthenticateAsync方法分别对两个AuthenticationScheme进行验证，并获取到对应的ClaimsIdentity。接着可以根据需要进行ClaimsIdentity的转换操作，例如合并两个Identity的Claims。最后，可以使用新的ClaimsIdentity创建一个新的ClaimsPrincipal，并使用SignInAsync方法进行身份验证。

需要注意的是，如果不需要将多个AuthenticationScheme下的ClaimsIdentity进行转换，而只是需要访问某个AuthenticationScheme下的ClaimsIdentity，可以直接使用HttpContext.User.Identity来获取对应的ClaimsIdentity。例如：

var cookieIdentity = HttpContext.User.Identity as ClaimsIdentity;
if (cookieIdentity != null)
{
    // 访问CookieAuthenticationScheme下的ClaimsIdentity
    // ...
}

var jwtIdentity = HttpContext.User.Identity as ClaimsIdentity;
if (jwtIdentity != null)
{
    // 访问JwtBearerAuthenticationScheme下的ClaimsIdentity
    // ...
}

这里的HttpContext.User是一个ClaimsPrincipal对象，可以通过Identity属性获取当前认证用户的ClaimsIdentity。根据不同的AuthenticationScheme，可以通过类型转换来获取对应的ClaimsIdentity，并进行进一步的操作。