运行Java应用程序在AWS Elastic Beanstalk上需要按照以下步骤进行设置：

1. 创建一个新的Elastic Beanstalk应用程序并选择Java作为平台。

2. 在本地开发环境中创建一个包含Java应用程序的war文件或jar文件。

3. 创建一个名为.ebextensions的文件夹，用于存放EB扩展配置文件。

4. 在.ebextensions文件夹中创建一个名为01_java.config的文件，并添加以下内容：

   container_commands:
     01_maven_build:
       command: "mvn clean install"
     02_start_server:
       command: "java -jar target/myapp.jar"
   

   该配置文件指示Elastic Beanstalk在部署应用程序时运行mvn clean install命令编译并构建Java项目，并使用java -jar命令启动应用程序。

5. 将war文件或jar文件与.ebextensions文件夹一起压缩为一个zip文件。

6. 在Elastic Beanstalk控制台中上传并部署该zip文件。

7. Elastic Beanstalk将自动解压缩文件并执行.ebextensions文件夹中的配置命令。

8. 完成部署后，Elastic Beanstalk将自动运行Java应用程序。

这是一个简单的示例，假设您的Java应用程序使用Maven进行构建，并且可以使用java -jar命令启动。请根据您的应用程序的实际情况进行相应的修改。