当AWS Glue连接到AWS RDS VPC中的AWS Glue爬虫的SQL Server连接失败时，可能是由于以下原因：

1. 安全组设置不正确：确保AWS Glue服务具有访问SQL Server数据库的安全组规则。您可以通过将入站规则配置为允许来自AWS Glue服务的访问来解决此问题。以下是一个设置安全组规则的示例：

"SecurityGroups": [
    {
        "Type": "AWS::EC2::SecurityGroup",
        "Properties": {
            "GroupDescription": "Allow AWS Glue to access SQL Server",
            "GroupName": "glue-sql-server-sg",
            "VpcId": "your-vpc-id",
            "SecurityGroupIngress": [
                {
                    "IpProtocol": "tcp",
                    "FromPort": 1433,
                    "ToPort": 1433,
                    "SourceSecurityGroupId": "glue-service-sg"
                }
            ]
        }
    }
]

2. VPC路由设置不正确：确保您的VPC正确设置了路由以允许AWS Glue服务访问RDS数据库。您可以通过确保VPC的路由表包含一个指向RDS数据库子网的路由来解决此问题。

3. 数据库凭据配置不正确：确保您在AWS Glue数据源中正确配置了SQL Server数据库的凭据。您需要提供正确的数据库端点，用户名和密码。

以下是一个AWS Glue连接到AWS RDS VPC中的AWS Glue爬虫的SQL Server连接失败的代码示例：

import boto3

client = boto3.client('glue')

response = client.create_connection(
    ConnectionInput={
        'Name': 'sql-server-connection',
        'Description': 'Connection to SQL Server database',
        'ConnectionType': 'JDBC',
        'MatchCriteria': [],
        'ConnectionProperties': {
            'JDBC_CONNECTION_URL': 'jdbc:sqlserver://your-rds-endpoint:1433;database=your-database',
            'USERNAME': 'your-username',
            'PASSWORD': 'your-password'
        },
        'PhysicalConnectionRequirements': {
            'SubnetId': 'your-rds-subnet-id',
            'SecurityGroupIdList': ['glue-sql-server-sg']
        }
    }
)

print(response)

请注意，上述代码示例中的参数值需要根据您的实际情况进行替换。