当在AWS Lambda函数中使用API Gateway发送多个Set-Cookie头时，只有最后一个Set-Cookie头会被接受。这是因为API Gateway在返回响应时会合并所有的Set-Cookie头，只保留最后一个。

要解决这个问题，可以在返回的响应头中使用单个Set-Cookie头，并将多个cookie值合并为一个字符串。以下是一个示例代码，演示如何在AWS Lambda函数中实现此功能：

exports.handler = async (event) => {
    const response = {
        statusCode: 200,
        headers: {
            'Content-Type': 'text/html',
            'Set-Cookie': 'cookie1=value1; cookie2=value2; cookie3=value3'
        },
        body: 'Hello from Lambda!'
    };
    return response;
};

在上面的示例中，我们将多个cookie值合并为一个Set-Cookie头，并使用分号分隔每个cookie值。这样，API Gateway将接受并返回所有的cookie值。

另外，确保在使用API Gateway时，已启用了“启用代理整合请求”选项。这将确保API Gateway将完整的响应头传递给调用方。

通过以上方法，您可以在AWS Lambda函数中成功发送多个Set-Cookie头。