要使用Babel CLI更改输出目录的文件名，您可以使用Babel插件@babel/plugin-transform-modules-amd并结合Node.js的文件系统模块来实现。

以下是一个示例解决方法的代码示例：

1. 首先，确保您已经安装了Babel CLI和@babel/plugin-transform-modules-amd插件。您可以使用以下命令进行安装：

npm install --save-dev @babel/cli @babel/plugin-transform-modules-amd

2. 创建一个名为babel.config.js的文件并添加以下内容：

module.exports = {
  plugins: [
    ['@babel/plugin-transform-modules-amd', {
      noInterop: true
    }]
  ]
};

这将启用@babel/plugin-transform-modules-amd插件，并设置noInterop选项为true。

3. 在您的项目中创建一个名为build.js的脚本文件，并添加以下内容：

const fs = require('fs');
const babel = require('@babel/core');

const inputDirectory = 'src'; // 输入目录
const outputDirectory = 'dist'; // 输出目录
const outputFilename = 'bundle.js'; // 输出文件名

// 读取输入目录下的所有文件
fs.readdirSync(inputDirectory).forEach(file => {
  // 构建输入文件路径和输出文件路径
  const inputFilePath = `${inputDirectory}/${file}`;
  const outputFilePath = `${outputDirectory}/${outputFilename}`;

  // Babel转换代码
  const { code } = babel.transformFileSync(inputFilePath, {
    configFile: './babel.config.js'
  });

  // 将转换后的代码写入到输出文件中
  fs.writeFileSync(outputFilePath, code);
});

此脚本将读取src目录中的所有文件，并使用Babel将其转换为AMD模块格式，并将转换后的代码写入到dist/bundle.js文件中。

4. 在命令行中运行以下命令来执行构建脚本：

node build.js

这将运行build.js脚本并将所有文件从输入目录转换为AMD模块，并将转换后的代码写入到输出目录中的bundle.js文件。

请注意，您可以根据需要更改输入目录、输出目录和输出文件名。