要解决Android Room嵌入关系忽略WHERE条件的问题，可以按照以下步骤进行：

1. 确保在定义实体类和关系时正确设置了FOREIGN KEY和关系注解。

示例代码：

@Entity(tableName = "user")
public class User {
    @PrimaryKey
    public int id;

    public String name;
}

@Entity(tableName = "post", foreignKeys = @ForeignKey(entity = User.class, parentColumns = "id", childColumns = "userId", onDelete = ForeignKey.CASCADE))
public class Post {
    @PrimaryKey
    public int id;

    public String title;

    @ColumnInfo(name = "userId")
    public int userId;
}

public class UserWithPosts {
    @Embedded
    public User user;

    @Relation(parentColumn = "id", entityColumn = "userId", entity = Post.class)
    public List posts;
}

2. 确保在查询时使用了适当的WHERE条件。

示例代码：

@Dao
public interface UserDao {
    @Transaction
    @Query("SELECT * FROM user WHERE id = :userId")
    LiveData getUserWithPosts(int userId);
}

3. 如果仍然存在问题，可以尝试使用INNER JOIN来手动执行嵌入查询，并使用WHERE条件筛选结果。

示例代码：

@Dao
public interface UserDao {
    @Transaction
    @Query("SELECT * FROM user INNER JOIN post ON user.id = post.userId WHERE user.id = :userId")
    LiveData getUserWithPosts(int userId);
}

通过按照上述步骤操作，您应该能够解决Android Room嵌入关系忽略WHERE条件的问题。确保在定义实体类和关系时正确设置FOREIGN KEY和关系注解，并在查询时使用适当的WHERE条件。如果问题仍然存在，可以尝试使用INNER JOIN来手动执行嵌入查询并使用WHERE条件筛选结果。