要解决Android Room嵌入式关联忽略了SQL的where条件的问题，可以按照以下步骤进行操作：

1. 确保在嵌入式关联的查询方法中使用了合适的SQL语句，并在WHERE子句中包含所需的条件。例如，假设我们有两个实体类：User和Order，它们之间存在一对多的关系。我们想要查询特定用户的所有订单，可以使用以下查询方法：

@Transaction
@Query("SELECT * FROM User WHERE userId = :userId")
public LiveData getUserWithOrders(int userId);

在此示例中，我们使用了WHERE子句来限制查询结果仅返回具有指定userId的用户。

2. 确保在定义嵌入式实体类时，正确地使用了@Embedded和@Relation注解。@Embedded用于将关联的实体类嵌入到主实体类中，@Relation用于定义嵌入式关联。例如，假设我们要将订单实体类嵌入到用户实体类中，可以按以下方式定义嵌入式关联：

public class UserWithOrders {
    @Embedded
    public User user;

    @Relation(parentColumn = "userId", entityColumn = "userId")
    public List orders;
}

在此示例中，我们将Order实体类嵌入到User实体类中，并使用@Relation注解指定了User实体类的userId与Order实体类的userId之间的关联。

3. 确保在调用查询方法时，传递了正确的条件参数。例如，在Activity或Fragment中调用查询方法时，确保传递了正确的userId参数。例如：

int userId = 1; // 假设要查询userId为1的用户的所有订单
userViewModel.getUserWithOrders(userId).observe(this, userWithOrders -> {
    // 处理查询结果
});

在此示例中，我们传递了userId为1的参数来获取该用户的所有订单。

通过以上步骤，您应该能够解决Android Room嵌入式关联忽略了SQL的where条件的问题，并正确地使用WHERE子句来限制嵌入式关联的查询结果。