要在安装完成后不启动Windows（Electron.js）应用程序，您可以在安装程序中添加一个选项来让用户选择是否启动应用程序。以下是一个示例代码片段，演示了如何在安装完成后不启动Electron.js应用程序。

const { app, BrowserWindow } = require('electron');
const path = require('path');
const url = require('url');

// 检查是否在安装程序中设置了不启动应用程序的选项
const shouldStartApp = process.argv.includes('--start-app');

// 创建应用程序窗口
function createWindow() {
  const mainWindow = new BrowserWindow({
    width: 800,
    height: 600,
    webPreferences: {
      nodeIntegration: true
    }
  });

  // 加载应用程序的页面
  mainWindow.loadURL(
    url.format({
      pathname: path.join(__dirname, 'index.html'),
      protocol: 'file:',
      slashes: true
    })
  );
}

// 当 Electron 准备就绪时，创建应用程序窗口
app.whenReady().then(() => {
  if (shouldStartApp) {
    createWindow();
  }
});

// 在所有窗口都关闭时退出应用程序
app.on('window-all-closed', () => {
  if (process.platform !== 'darwin') {
    app.quit();
  }
});

// 在激活应用程序时重新创建窗口（通常在单击应用程序图标时）
app.on('activate', () => {
  if (BrowserWindow.getAllWindows().length === 0) {
    if (shouldStartApp) {
      createWindow();
    }
  }
});

在上面的代码中，我们通过检查命令行参数中是否包含 --start-app 来确定是否在安装过程中启动应用程序。如果包含了该参数，应用程序将被启动。否则，它将等待用户手动启动。

请注意，这只是一个示例，您可能需要根据您的应用程序的具体需求进行更改。