在Dart中，函数也是一种类型，可以通过函数签名指定函数的类型。要解决“不能将类型为“bool Function(X509Certificate, String, int)”的值分配给类型为“bool Function”的变量”的问题，需要确保将具有匹配函数签名的函数分配给变量。

以下是一个示例代码，演示了如何解决这个问题：

import 'dart:io';

bool myFunction(X509Certificate cert, String str, int num) {
  // 实现函数的逻辑
  return true;
}

void main() {
  bool Function(X509Certificate, String, int) function = myFunction;
  // 注意：将具有匹配函数签名的函数分配给变量

  // 使用分配给变量的函数
  bool result = function(X509Certificate(), 'example', 123);
  print(result);
}

在上面的示例代码中，我们定义了一个名为myFunction的函数，它具有与错误消息中指定的函数签名相匹配的参数和返回类型。然后，我们将myFunction分配给类型为bool Function(X509Certificate, String, int)的变量function。最后，我们通过使用分配给变量的函数来调用它，并将结果打印出来。

请注意，示例中使用的X509Certificate是一个虚构的类，您需要根据您的实际代码进行相应的调整。