当部署MERN应用后，Cookie可能不再起作用的原因是因为在部署过程中，域名或端口号发生了变化，导致Cookie的跨域问题。下面是一个可能的解决方法：

1. 确保前后端的域名和端口号一致。

2. 在后端的Express应用中，使用cors中间件来处理跨域请求。安装cors模块：

npm install cors

然后在后端的入口文件中添加以下代码：

const express = require('express');
const cors = require('cors');

const app = express();
app.use(cors());

3. 在前端的请求中设置credentials为true，以便允许携带Cookie。

fetch('http://example.com/api', {
  credentials: 'include',
});

4. 在后端的响应中设置Access-Control-Allow-Credentials为true，以允许接受来自前端的携带Cookie的请求。

res.setHeader('Access-Control-Allow-Credentials', 'true');

5. 如果仍然无法解决问题，可能是因为浏览器的安全策略问题。在某些情况下，浏览器可能不允许跨域请求携带Cookie。在这种情况下，您可以考虑使用Token来替代Cookie进行身份验证。

请注意，以上解决方案是一种可能的方法，具体的解决方案可能因应用的具体情况而有所不同。