在多个数据源的情况下，可以为每个数据源定义一个单独的事务管理器，并在需要的地方使用@Qualifier("transactionManager")标注以明确指定使用哪个事务管理器。以下是一个示例代码：

@Configuration
@EnableTransactionManagement
public class PersistenceJPAConfig {

    @Bean(name = "primaryDataSource")
    @Qualifier("primaryDataSource")
    @ConfigurationProperties(prefix="spring.primaryDataSource")
    public DataSource dataSource() {
        return DataSourceBuilder.create().build();
    }

    @Bean(name = "secondaryDataSource")
    @Qualifier("secondaryDataSource")
    @ConfigurationProperties(prefix="spring.secondaryDataSource")
    public DataSource dataSource2() {
        return DataSourceBuilder.create().build();
    }

    @Bean(name = "primaryTransactionManager")
    @Primary
    public PlatformTransactionManager primaryTransactionManager(
      @Qualifier("primaryEntityManagerFactory") EntityManagerFactory entityManagerFactory) {
        return new JpaTransactionManager(entityManagerFactory);
    }

    @Bean(name = "secondaryTransactionManager")
    public PlatformTransactionManager secondaryTransactionManager(
      @Qualifier("secondaryEntityManagerFactory") EntityManagerFactory entityManagerFactory) {
        return new JpaTransactionManager(entityManagerFactory);
    }

    @Bean(name = "primaryEntityManagerFactory")
    @Primary
    public LocalContainerEntityManagerFactoryBean primaryEntityManagerFactory(
      EntityManagerFactoryBuilder builder, @Qualifier("primaryDataSource") DataSource dataSource) {
        return builder.dataSource(dataSource).packages("com.example.domain.primary").persistenceUnit("primary").build();
    }

    @Bean(name = "secondaryEntityManagerFactory")
    public LocalContainerEntityManagerFactoryBean secondaryEntityManagerFactory(
      EntityManagerFactoryBuilder builder, @Qualifier("secondaryDataSource") DataSource dataSource) {
        return builder.dataSource(dataSource).packages("com.example.domain.secondary").persistenceUnit("secondary").build();
    }

}

这里我们定义了两个数据源（primaryDataSource和secondaryDataSource）和它们的两个事务管理器（primaryTransactionManager和secondaryTransactionManager）。对于需要在不同事务管理器下进行事务控制的方法，我们可以使用@Qualifier注释以明确指定使用哪个事务管理器。例如：

@Service
public class MyService {

    @Autowired
    private MyPrimaryRepository primaryRepository;

    @Autowired
    private MySecondaryRepository secondaryRepository;

    @Transactional("primaryTransactionManager")
    public void doSomethingInPrimary() {
        primaryRepository.save(new MyEntity());
    }

    @Transactional("secondaryTransactionManager")
    public void doSomethingInSecondary() {
        secondaryRepository.save(new MyOtherEntity());
    }

}

在这个例子中，我们用@Qualifier("primaryTransactionManager")注释标注了doSomethingInPrimary()方法，让它使用primaryTransactionManager进行事务控制。同样地，我们用@Qualifier("secondaryTransactionManager")标注了doSomethingInSecondary()方法，以使用secondaryTransactionManager进行事务控制。

通过这种方式，我们就可以在不同的数据源下使用不同的事务管理器来进行事务控制。