在不同目录中安装多个WordPress时，每个WordPress安装都需要一个.htaccess文件来进行URL重写和其他配置。但是，当你在不同目录中安装多个WordPress并且每个目录都有自己的.htaccess文件时，可能会遇到一些问题，如URL重写冲突或无法访问。下面是解决这些问题的方法：

1. 为每个WordPress安装创建一个独立的.htaccess文件。 在每个WordPress安装的根目录中创建一个新的.htaccess文件，并将下面的代码复制到其中：

   # BEGIN WordPress
   
   RewriteEngine On
   RewriteBase /
   RewriteRule ^index\.php$ - [L]
   RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
   RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
   RewriteRule . /index.php [L]
   
   # END WordPress
   

   这样可以确保每个WordPress安装都有自己的URL重写规则，并且不会与其他安装冲突。

2. 修改每个WordPress安装的.htaccess文件中的RewriteBase。 有时，不同的WordPress安装可能在不同的子目录中，这时候需要修改.htaccess文件中的RewriteBase以匹配正确的子目录。例如，如果你的WordPress安装在子目录“/blog/”下，则将.htaccess文件中的RewriteBase修改为：

   RewriteBase /blog/
   

   这样可以确保URL重写规则针对正确的子目录进行匹配。

3. 使用不同的RewriteRule来区分不同的WordPress安装。 如果你希望在一个目录中处理多个WordPress安装的URL重写，可以使用不同的RewriteRule来区分它们。例如，假设你有两个WordPress安装分别在子目录“/blog1/”和“/blog2/”下，你可以将.htaccess文件中的RewriteRule修改为：

   RewriteRule ^blog1/(.*)$ /blog1/index.php/$1 [L]
   RewriteRule ^blog2/(.*)$ /blog2/index.php/$1 [L]
   

   这样可以确保每个WordPress安装的URL重写规则只适用于对应的子目录。

无论使用哪种方法，记得在更新.htaccess文件之后，清除浏览器缓存并重新加载WordPress站点，以确保修改生效。