这个问题的原因是由于编译器在不同目录中生成的目标代码可能会受到一些环境变量或编译选项的影响，从而导致目标代码的大小不同。为了解决这个问题，可以使用以下方法：

1. 使用相同的编译选项和环境变量：确保在不同目录中使用相同的编译选项和环境变量来编译相同的C程序。这样可以保持编译环境的一致性，从而生成相同大小的目标代码。

2. 使用相同的编译器版本：不同版本的编译器可能会有不同的优化策略和算法，从而导致生成的目标代码大小不同。因此，建议在不同目录中使用相同版本的编译器来编译相同的C程序。

3. 检查源代码的变化：如果在不同目录中生成的目标代码大小不同，可能是因为源代码在不同目录中有所变化。因此，建议仔细检查源代码是否有差异，尤其是与目标代码大小相关的代码段。

以下是一个示例代码，演示了如何在不同目录中生成相同大小的目标代码：

// main.c

#include 

int main() {
    printf("Hello, world!\n");
    return 0;
}

在终端中执行以下命令：

# 在目录A中编译
gcc -o mainA main.c
ls -l mainA

# 在目录B中编译
gcc -o mainB main.c
ls -l mainB

假设在目录A和目录B中分别执行以上命令，你会发现生成的目标代码大小是一样的。