在不同文件夹中使用Makefile来构建项目的解决方法如下所示：

1. 确定项目结构：首先，你需要确定项目的文件夹结构。假设你的项目包含两个文件夹：src和build。src文件夹包含源代码文件，而build文件夹用于存放编译生成的目标文件和可执行文件。

2. 创建Makefile文件：分别在src和build文件夹中创建Makefile文件。在src文件夹中的Makefile文件用于编译源代码文件并生成目标文件，而在build文件夹中的Makefile文件用于将目标文件链接成可执行文件。

3. 编写src文件夹中的Makefile：在src文件夹中的Makefile文件中，你需要定义编译规则和依赖关系。下面是一个示例：

CC = gcc
CFLAGS = -Wall -Werror

SRC = $(wildcard *.c)
OBJ = $(SRC:.c=.o)

.PHONY: all clean

all: $(OBJ)

%.o: %.c
    $(CC) $(CFLAGS) -c $< -o $@

clean:
    rm -f $(OBJ)

在这个示例中，我们使用了变量CC和CFLAGS来定义编译器和编译选项。SRC变量使用通配符来获取所有的.c源代码文件，OBJ变量将.c文件替换为.o文件。all目标依赖于OBJ变量，通过编译所有的源代码文件来生成目标文件。%.o规则定义了如何将源代码文件编译为目标文件。clean目标用于清理生成的目标文件。

4. 编写build文件夹中的Makefile：在build文件夹中的Makefile文件中，你需要定义链接规则。下面是一个示例：

CC = gcc
CFLAGS = -Wall -Werror

SRC_DIR = ../src
OBJ_DIR = .
BIN_DIR = ../bin

SRC = $(wildcard $(SRC_DIR)/*.c)
OBJ = $(addprefix $(OBJ_DIR)/, $(notdir $(SRC:.c=.o)))
BIN = $(BIN_DIR)/myprogram

.PHONY: all clean

all: $(BIN)

$(BIN): $(OBJ)
    $(CC) $(CFLAGS) $^ -o $@

$(OBJ_DIR)/%.o: $(SRC_DIR)/%.c
    $(CC) $(CFLAGS) -c $< -o $@

clean:
    rm -f $(OBJ) $(BIN)

在这个示例中，我们使用了变量CC和CFLAGS来定义编译器和编译选项。SRC_DIR、OBJ_DIR和BIN_DIR变量分别定义了源代码文件夹、目标文件夹和可执行文件夹的路径。SRC变量使用通配符来获取源代码文件夹中的所有.c源代码文件，OBJ变量使用addprefix函数将目标文件夹路径添加到目标文件名前，BIN变量定义了可执行文件的路径和名称。all目标依赖于BIN变量，通过链接所有的目标文件来生成可执行文件。$(BIN)规则定义了如何将目标文件链接成可执行文件。$(OBJ_DIR)/%.o规则定义了如何将源代码文件编译为目标文件。clean目标用于清理生成的目标文件和可执行文件。

5. 在终端中使用Make命令：进入build文件夹，并在终端中运行make命令，即可编译并生成可执行文件。

通过以上步骤，你可以在不同文件夹中使用Makefile来构建项目。根据你的项目结构和需求，你可以根据示例进行适当的修改和调整。