当Apache Flink的检查点已经完成但是没有完成时，可能是由于以下原因之一：

1. 网络问题：检查点完成后，Flink需要将检查点数据上传到持久化存储位置（如HDFS、S3等）。如果网络不稳定或连接中断，可能导致上传失败。解决方法是检查网络连接并确保持久化存储位置可用。

2. 存储问题：如果持久化存储位置（如HDFS、S3等）已满或无法写入，可能导致检查点无法完成。解决方法是检查存储位置的可用空间，并确保有足够的权限进行写入。

3. 资源问题：如果Flink集群的资源不足，可能导致检查点无法完成。解决方法是增加集群资源，如增加TaskManager的数量或分配更多的内存。

以下是一个简单的代码示例，演示如何处理检查点完成但没有完成的情况：

StreamExecutionEnvironment env = StreamExecutionEnvironment.getExecutionEnvironment();
env.enableCheckpointing(5000); // 开启检查点，设置检查点间隔为5秒

// 设置持久化存储路径
env.setStateBackend(new FsStateBackend("hdfs:///checkpoint"));

// 创建数据流
DataStream dataStream = env.socketTextStream("localhost", 9999);

// 执行一些转换操作
DataStream resultStream = dataStream.map(...).filter(...);

// 将结果写入文件或其他存储位置
resultStream.writeAsText("hdfs:///output");

// 执行作业
env.execute("MyJob");

在上面的示例中，我们使用FsStateBackend将检查点数据存储在HDFS上。如果检查点完成但没有完成，可以检查HDFS存储位置是否可用，并确保有足够的权限进行写入。

此外，您还可以通过监控Flink的日志文件来获取更多关于检查点失败的详细信息，以便进一步排查和解决问题。