要在输出的.mov文件上获得透明度，您可以使用适当的编码器和设置。以下是一个使用FFmpeg库的代码示例，可以将包含透明度的视频文件转换为.mov格式：

import subprocess

def convert_to_mov(input_file, output_file):
    # 使用FFmpeg将输入文件转换为.mov格式
    command = ['ffmpeg', '-i', input_file, '-c:v', 'qtrle', '-pix_fmt', 'argb', output_file]
    subprocess.call(command)

# 调用函数并指定输入和输出文件
input_file = 'input_with_alpha.mp4'
output_file = 'output_with_alpha.mov'
convert_to_mov(input_file, output_file)

请确保您已经安装了FFmpeg库，并将其添加到系统路径中。在上述示例中，我们使用了qtrle编码器来保留视频的透明度，并使用argb像素格式来指定透明度通道。

替代的编码器和选项可能因您的需求而有所不同。您可以根据需要自定义编码器和参数。请注意，某些编码器可能不支持透明度通道，因此在选择编码器时需要进行适当的研究。