BWA-mem和Sambamba读取组行错误
创始人
2025-01-12 19:00:38
0

在生成BAM文件时,BWA-mem和Sambamba需要正确的读取组信息。如果读取组信息存在错误,则可能会发生以下错误中的一种:(1)BWA-mem输出的SAM文件中缺少读取组信息;(2)Sambamba在输出BAM文件时,可能会将所有读取组信息设置为默认值。

要解决这个问题,我们可以手动创建一个包含正确读取组信息的BAM文件,或者使用Picard工具将读取组信息添加到BAM文件中。以下是使用Picard工具的示例代码:

java -jar picard.jar AddOrReplaceReadGroups \
I=input.bam \
O=output.bam \
RGID=foo \
RGLB=bar \
RGPL=illumina \
RGPU=unit1 \
RGSM=sample

在这个示例中,我们使用Picard工具中的AddOrReplaceReadGroups命令将读取组信息添加到input.bam文件中。我们指定了RGID(读取组ID)、RGLB(读取组文库)、RGPL(读取组平台)、RGPU(读取组芯片序列号)和RGSM(读取组样本名称)参数来指定读取组信息。最后,我们指定了输出文件的名称为output.bam。

通过这个命令,我们可以将正确的读取组信息添加到BAM文件中,从而避免BWA-mem和Sambamba读取组行错误的问题。

相关内容

热门资讯

黑科技游戏!wepoke透视挂... 黑科技游戏!wepoke透视挂靠谱(ai代打)从来真的有挂(有挂辅助)-哔哩哔哩1、不需要AI权限,...
黑科技苹果版!wepower外... 黑科技苹果版!wepower外挂检测方法(黑科技ai)好像是有挂(有挂稳赢)-哔哩哔哩;亲真的是有正...
黑科技安装!线上德州辅助工具有... 黑科技安装!线上德州辅助工具有哪些(智能ai)本然是有挂(有挂俱乐部)-哔哩哔哩关于线上德州辅助工具...
黑科技脚本!wepower发牌... 黑科技脚本!wepower发牌机制讲解(智能ai)素来是有挂(有挂自建房)-哔哩哔哩;亲真的是有正版...
黑科技真的!线上微扑克代打(a... 黑科技真的!线上微扑克代打(ai代打)起初有挂(有挂神器)-哔哩哔哩;1.线上微扑克代打 ai辅助创...
黑科技数据!aapoker 辅... 黑科技数据!aapoker 辅助工具(ai代打)其实是有挂(有挂最新款)-哔哩哔哩;1.aapoke...
黑科技苹果版!微扑克辅助(透视... 黑科技苹果版!微扑克辅助(透视)本来有挂(有挂私人房)-哔哩哔哩是一款可以让一直输的玩家,快速成为一...
黑科技安卓版!wepoke真的... 黑科技安卓版!wepoke真的有挂吗(ai辅助)从来存在有挂(有挂德州版)-哔哩哔哩1、点击下载安装...
黑科技免费!aapoke辅助工... 黑科技免费!aapoke辅助工具存在吗(辅助挂)一向是有挂(有挂稳赢)-哔哩哔哩准备好在aapoke...
黑科技有挂!微扑克代打是真的吗... 黑科技有挂!微扑克代打是真的吗(黑科技)都是存在有挂(有挂下载)-哔哩哔哩1、不需要AI权限,帮助你...