在Apache PDFBox中处理编码问题时，可以使用以下代码示例来解决：

1. 设置输入文本的编码格式：

String text = "你好世界";
String encoding = "UTF-8";

// 创建一个输入流，并设置编码格式
InputStream inputStream = new ByteArrayInputStream(text.getBytes(encoding));

// 使用PDFBox的文本提取器来处理文本
PDFTextStripper stripper = new PDFTextStripper();
stripper.setSortByPosition(true);

// 从输入流中提取文本
String extractedText = stripper.getText(new PDDocument().load(inputStream));

// 输出提取的文本
System.out.println(extractedText);

2. 设置输出文本的编码格式：

String text = "你好世界";
String encoding = "UTF-8";

// 创建一个输出流，并设置编码格式
OutputStream outputStream = new FileOutputStream("output.pdf");
OutputStreamWriter writer = new OutputStreamWriter(outputStream, encoding);

// 使用PDFBox的PDF文档和文本写入器来创建PDF文件
PDDocument document = new PDDocument();
PDPage page = new PDPage();
document.addPage(page);

// 将文本写入PDF文件
PDPageContentStream contentStream = new PDPageContentStream(document, page);
contentStream.beginText();
contentStream.setFont(PDType1Font.HELVETICA_BOLD, 12);
contentStream.newLineAtOffset(100, 700);
contentStream.showText(text);
contentStream.endText();
contentStream.close();

// 保存PDF文件
document.save(outputStream);
document.close();

这些示例代码可以帮助您在使用Apache PDFBox处理编码问题时进行设置和转换。您可以根据需要调整编码格式和其他参数。