要解决Apache PHP脚本的XSS漏洞，您可以考虑以下方法：

1. 输入验证和过滤：在接受用户输入之前，对输入进行验证和过滤。使用函数如htmlspecialchars()来转义特殊字符，或使用正则表达式来验证输入是否符合预期格式。

示例代码：

$input = $_GET['input'];
$filteredInput = htmlspecialchars($input);

2. 输出编码：在将用户输入的数据输出到网页上时，使用适当的编码方式来防止XSS攻击。例如，使用htmlspecialchars()函数对输出进行转义。

示例代码：

$output = "";
echo htmlspecialchars($output);

3. HTTP头设置：为了进一步增强安全性，您可以设置HTTP头来指示浏览器不要解析特定类型的内容，例如通过设置Content-Security-Policy头来限制可执行脚本的来源。

示例代码：

header("Content-Security-Policy: script-src 'self'");

4. 使用安全的编程实践：遵循安全的编程实践可以帮助减少XSS漏洞的风险。例如，避免将用户输入直接拼接到SQL查询中，而是使用参数化查询或ORM来防止SQL注入攻击。

总结起来，防止Apache PHP脚本的XSS漏洞需要对用户输入进行验证、过滤和编码，并使用适当的安全编程实践来减少风险。