在处理大于2GB的XLSX文件时，Apache POI可能会遇到加密失败的问题。这是由于POI使用了基于内存的加密，而内存有限制导致加密过程失败。

解决此问题的一个方法是将POI的加密功能替换为使用外部工具进行加密。下面是一个使用7-Zip命令行工具进行加密的示例代码：

import java.io.File;
import java.io.IOException;

public class EncryptXlsxFile {
    public static void main(String[] args) {
        String inputFile = "path/to/input.xlsx";
        String outputFile = "path/to/output.xlsx";
        String password = "your_password";

        // 保存未加密的文件副本
        File tempFile = new File(inputFile + ".bak");
        try {
            org.apache.commons.io.FileUtils.copyFile(new File(inputFile), tempFile);
        } catch (IOException e) {
            e.printStackTrace();
        }

        // 使用7-Zip命令行工具进行加密
        String command = String.format("7z a -p%s -mem=AES256 %s %s", password, outputFile, tempFile.getAbsolutePath());
        try {
            Process process = Runtime.getRuntime().exec(command);
            process.waitFor();
        } catch (IOException | InterruptedException e) {
            e.printStackTrace();
        }

        // 删除临时文件
        tempFile.delete();
    }
}

在上面的示例中，inputFile是要加密的文件路径，outputFile是加密后的文件路径，password是加密密码。代码的执行过程如下：

1. 创建一个未加密的文件副本，以防止原始文件被修改。
2. 使用7-Zip命令行工具执行加密命令，将未加密的文件副本加密为输出文件。
3. 删除临时文件。

请确保您已经安装了7-Zip命令行工具，并将其添加到系统路径中。另外，您还需要引入org.apache.commons:commons-io库来复制文件。

请注意，使用外部工具进行加密可能会导致文件的安全性降低，因为加密密码在命令行中是可见的。因此，建议在执行完加密操作后，尽快在代码中删除未加密的文件副本，并确保密码的安全性。