要更改Apache POI中的系统分隔符，可以通过设置System.setProperty()方法来实现。以下是一个示例代码：

import org.apache.poi.ss.usermodel.Workbook;
import org.apache.poi.ss.usermodel.WorkbookFactory;

public class ChangeSystemSeparator {
    public static void main(String[] args) {
        // 设置系统分隔符
        System.setProperty("line.separator", "|");

        try {
            // 打开Excel文件
            Workbook workbook = WorkbookFactory.create("input.xlsx");

            // 在这里执行其他操作

            // 保存更改后的Excel文件
            workbook.write("output.xlsx");
            workbook.close();
        } catch (Exception e) {
            e.printStackTrace();
        }
    }
}

在上面的代码中，System.setProperty("line.separator", "|")设置了系统分隔符为"|"。然后，可以使用WorkbookFactory.create()方法打开Excel文件，执行其他操作，并使用workbook.write()方法保存更改后的Excel文件。

请注意，这个设置会影响整个系统的分隔符，因此在使用完毕后，最好将系统分隔符恢复为默认值，以避免对其他部分的代码造成影响。