Apache POI的shiftRows方法用于在Excel工作表中移动行。根据提供的描述，如果在使用shiftRows方法时出现文件破坏和删除内容的问题，可能是由于使用不正确导致的。以下是一个可能的解决方法：

1. 确保使用正确的参数调用shiftRows方法。该方法接受三个参数：起始行索引、结束行索引和移动的行数。确保传递正确的参数值，以避免意外删除内容。

2. 在调用shiftRows方法之前，最好先创建一个备份副本。这样，如果出现问题，可以还原到原始状态。可以使用File类将Excel文件复制到另一个位置作为备份。

下面是一个示例代码，展示了如何使用shiftRows方法并创建备份副本：

import org.apache.poi.ss.usermodel.*;
import org.apache.poi.xssf.usermodel.XSSFWorkbook;

import java.io.*;

public class ShiftRowsExample {

    public static void main(String[] args) {
        String inputFile = "input.xlsx";
        String backupFile = "backup.xlsx";

        try {
            // 复制Excel文件作为备份
            copyFile(inputFile, backupFile);

            // 读取Excel文件
            FileInputStream fis = new FileInputStream(inputFile);
            Workbook workbook = new XSSFWorkbook(fis);
            Sheet sheet = workbook.getSheetAt(0);

            // 使用shiftRows方法移动行
            sheet.shiftRows(1, sheet.getLastRowNum(), 1);

            // 保存修改后的Excel文件
            FileOutputStream fos = new FileOutputStream(inputFile);
            workbook.write(fos);
            workbook.close();

            System.out.println("行已成功移动！");

        } catch (IOException e) {
            e.printStackTrace();
        }
    }

    private static void copyFile(String inputFile, String outputFile) throws IOException {
        FileInputStream fis = new FileInputStream(inputFile);
        FileOutputStream fos = new FileOutputStream(outputFile);

        byte[] buffer = new byte[1024];
        int length;
        while ((length = fis.read(buffer)) > 0) {
            fos.write(buffer, 0, length);
        }

        fis.close();
        fos.close();
    }
}

在上面的示例代码中，我们首先使用copyFile方法创建了一个输入文件的备份副本。然后，我们使用shiftRows方法移动行，并将修改后的Excel文件保存回原始文件。这样，在出现问题时，可以使用备份文件进行还原。

请注意，这只是一个解决问题的示例方法。具体的解决方法可能因情况而异，具体取决于代码实现和所使用的Apache POI版本。确保参考Apache POI的官方文档和示例代码，以获取更准确的解决方法和使用指南。