在App Engine自动缩放中，PubSub推送订阅的请求超时时间可以通过设置app.yaml文件中的timeout属性来修改。下面是一个代码示例：

runtime: python38
instance_class: F4

automatic_scaling:
  target_cpu_utilization: 0.65
  min_instances: 1
  max_instances: 10

env_variables:
  PUBSUB_TIMEOUT: '300'  # 设置超时时间为300秒

handlers:
- url: /_ah/push-handlers/pubsub
  script: auto
  timeout: 360s  # 调整请求超时时间为360秒

上面的示例中，使用了Python 3.8的运行时环境，并设置了自动缩放策略。通过env_variables部分，我们设置了环境变量PUBSUB_TIMEOUT的值为300，表示超时时间为300秒。然后，我们定义了一个/_ah/push-handlers/pubsub的URL路径，并将其与一个名为auto的脚本绑定。最后，我们使用timeout属性将请求超时时间设置为360秒。

请注意，timeout属性的最大值为360秒，如果需要更长的超时时间，可以将请求分成多个较小的操作。另外，为了确保PubSub推送订阅的可靠性，你可能还需要处理一些其他的错误情况，例如超时重试或错误处理。