要在ASP.NET Core 3.1中使用IOptions初始化配置文件，您可以按照以下步骤进行操作：

1. 首先，确保您已经安装了Microsoft.Extensions.Configuration和Microsoft.Extensions.Configuration.Json NuGet包。

2. 在您的项目中创建一个appsettings.json文件，并将您的配置添加到其中。例如：

{
  "MyConfig": {
    "Setting1": "Value1",
    "Setting2": "Value2"
  }
}

3. 创建一个辅助类来读取和存储配置。例如：

public class MyConfig
{
    public string Setting1 { get; set; }
    public string Setting2 { get; set; }
}

4. 在Startup.cs文件的ConfigureServices方法中添加配置。例如：

public void ConfigureServices(IServiceCollection services)
{
    services.Configure(Configuration.GetSection("MyConfig"));
}

5. 确保在Startup.cs文件的构造函数中注入IConfiguration。例如：

private readonly IConfiguration Configuration;

public Startup(IConfiguration configuration)
{
    Configuration = configuration;
}

6. 您可以在需要使用配置的任何地方注入IOptions并使用它。例如，在控制器中使用配置：

private readonly MyConfig _myConfig;

public MyController(IOptions myConfigOptions)
{
    _myConfig = myConfigOptions.Value;
}

public IActionResult Index()
{
    var setting1Value = _myConfig.Setting1;
    var setting2Value = _myConfig.Setting2;

    // 使用配置进行其他操作

    return View();
}

通过这种方式，您的辅助类将从配置文件中初始化配置。请确保在使用IOptions的任何地方都注入了对应的辅助类。