在IIS上部署ASP.NET Core应用程序的结构如下：

1. 创建ASP.NET Core应用程序项目 首先，创建一个ASP.NET Core应用程序项目。可以使用Visual Studio或者命令行工具（如dotnet CLI）来创建项目。

2. 添加IIS支持 在项目文件中，添加对Microsoft.AspNetCore.Server.IISIntegration包的引用。可以通过NuGet包管理器或者在.csproj文件中手动添加引用。

3. 配置应用程序 在项目的Startup.cs文件中，配置应用程序。例如，可以指定要使用的中间件和服务。

public class Startup
{
    public void ConfigureServices(IServiceCollection services)
    {
        // 配置服务
    }

    public void Configure(IApplicationBuilder app, IWebHostEnvironment env)
    {
        // 配置中间件
    }
}

4. 创建IIS站点 在IIS中创建一个新的站点，将应用程序的根目录指向ASP.NET Core应用程序的发布目录。

5. 配置应用程序池 在IIS中，为应用程序创建一个新的应用程序池，并将其配置为使用.NET Core CLR。可以设置应用程序池的其他属性，如托管管道模式、启动模式等。

6. 配置Web.config文件 在应用程序的根目录中，创建一个名为Web.config的文件，用于配置ASP.NET Core应用程序在IIS中的行为。以下是一个示例Web.config文件：

在上面的示例中，将应用程序的入口点设置为dotnet命令，并指定应用程序的DLL文件。可以根据需要进行更改。

7. 发布应用程序 使用dotnet CLI或Visual Studio将应用程序发布到指定的目录中。发布时，将生成应用程序的可执行文件和依赖项。

8. 配置IIS站点 在IIS中的站点配置中，将应用程序的根目录指向发布的应用程序目录。

9. 测试应用程序 启动IIS站点，并使用浏览器访问应用程序的URL，以确保应用程序能够正常运行。

以上是在IIS上部署ASP.NET Core应用程序的一般步骤和结构。具体的细节和配置可能因项目和环境而异。