要解决ASP.NET GridView中的列标题高度不同的问题，可以使用GridView的RowDataBound事件来自定义每个列标题的样式。

以下是一个示例代码，演示如何使用RowDataBound事件来设置每个列标题的高度：

1. 在ASP.NET页面中，添加一个GridView控件并设置AutoGenerateColumns为false。

2. 在代码后台，绑定GridView数据源并在RowDataBound事件中设置列标题的高度。

protected void Page_Load(object sender, EventArgs e)
{
    if (!IsPostBack)
    {
        // 绑定GridView数据源
        GridView1.DataSource = GetData();
        GridView1.DataBind();
    }
}

protected void GridView1_RowDataBound(object sender, GridViewRowEventArgs e)
{
    if (e.Row.RowType == DataControlRowType.Header)
    {
        // 设置列标题的高度
        e.Row.Height = new Unit("50px");
    }
}

private DataTable GetData()
{
    // 返回示例数据源
    DataTable dt = new DataTable();
    dt.Columns.Add("Column1");
    dt.Columns.Add("Column2");
    dt.Columns.Add("Column3");

    dt.Rows.Add("Data 1", "Data 2", "Data 3");
    dt.Rows.Add("Data 4", "Data 5", "Data 6");

    return dt;
}

在上述示例代码中，通过在RowDataBound事件中判断当前行的类型是否为Header，然后设置e.Row.Height来自定义列标题的高度。在这里，我们将列标题的高度设置为50px，你可以根据需要进行调整。

这样，当GridView绑定数据源并呈现时，每个列标题的高度都会被设置为自定义的高度。