在 ASP.NET Core 3.1 中，我们可以在启动时配置自定义 JSON 文件。步骤如下：

1. 在项目根目录下创建一个名为 appsettings.custom.json 的 JSON 文件，此处以 appsettings.custom.json 作为示例文件名，如果需要更改文件名，修改代码中 appsettings.custom.json 对应的文件名即可。

2. 在 Startup.cs 中的构造方法中添加以下代码：

public Startup(IConfiguration configuration)
{
    var builder = new ConfigurationBuilder()
        .SetBasePath(Directory.GetCurrentDirectory())
        .AddJsonFile("appsettings.json", optional: false, reloadOnChange: true)
        .AddJsonFile("appsettings.custom.json", optional: true, reloadOnChange: true)  // 添加 appsettings.custom.json 文件作为可选 JSON 文件
        .AddEnvironmentVariables();

    Configuration = builder.Build();
}

这段代码会加载 appsettings.custom.json 文件作为可选 JSON 文件，并将其添加到配置构建器中。当文件更新时，此构造方法会重新加载文件。

3. 最后在 Configure 方法中，可以通过 IConfiguration 接口读取 appsettings.custom.json 文件中定义的配置。示例代码如下：

public void Configure(IApplicationBuilder app, IWebHostEnvironment env, IConfiguration config)
{
    // 获取 appsettings.custom.json 文件中的配置
    var customConfigSection = config.GetSection("CustomConfig");
    var customConfigValue = customConfigSection.GetValue("CustomConfigValue");

    // 其他代码省略
}

这样就可以在启动时配置自定义 JSON 文件，读取其中的配置项，并在应用程序的任何地方使用它们了。