在使用Aspnet Core 3.1的Identity ConfirmEmail功能时遇到问题，可以尝试以下解决方法：

1. 确保邮件发送配置正确：在Startup.cs文件的ConfigureServices方法中，确保已正确配置邮件发送的服务，例如使用SMTP发送邮件或者其他邮件发送服务。

services.AddTransient();

2. 检查邮件模板是否正确：确认邮件模板中的确认链接是否正确生成，并包含正确的确认链接。

var code = await _userManager.GenerateEmailConfirmationTokenAsync(user);
var callbackUrl = Url.Action("ConfirmEmail", "Account", new { userId = user.Id, code = code }, protocol: HttpContext.Request.Scheme);

3. 确保ConfirmEmail方法正确实现：在AccountController（或其他自定义的控制器）中，确保ConfirmEmail方法正确实现，并处理确认链接的逻辑。

[HttpGet]
[AllowAnonymous]
public async Task ConfirmEmail(string userId, string code)
{
    if (userId == null || code == null)
    {
        return RedirectToAction("Error");
    }

    var user = await _userManager.FindByIdAsync(userId);
    if (user == null)
    {
        return RedirectToAction("Error");
    }

    var result = await _userManager.ConfirmEmailAsync(user, code);
    if (!result.Succeeded)
    {
        return RedirectToAction("Error");
    }

    return RedirectToAction("EmailConfirmed");
}

4. 检查数据库配置是否正确：确认数据库连接字符串和配置是否正确，并且数据库是否正确初始化。

services.AddDbContext(options =>
    options.UseSqlServer(Configuration.GetConnectionString("DefaultConnection")));

以上是一些可能导致Aspnet Core 3.1 Identity ConfirmEmail功能不如预期工作的常见问题和解决方法。根据具体情况，可能还需要进一步调试和排查其他可能的问题。