要在Atom中使用Emmet自定义的多行快捷元素，你可以按照以下步骤进行操作：

1. 打开Atom编辑器，点击菜单栏的"Atom"，然后选择"Snippets"，这将打开Atom的Snippets配置文件。

2. 在Snippets配置文件中，你可以定义各种快捷元素。在这个文件中，你可以找到或创建一个名为"html"的快捷元素，这是用于生成HTML代码的默认快捷元素。

3. 在"html"的快捷元素中，你可以定义多行的HTML片段。例如，你可以定义一个包含标题、段落和链接的HTML结构，如下所示：

"html": {
  "prefix": "html",
  "body": [
    "",
    "",
    "",
    "  ",
    "  ",
    "",
    "",
    "  
${2:Heading}
",
    "  
${3:Paragraph}
",
    "  ${5:Link}",
    "",
    ""
  ],
  "description": "HTML skeleton"
}

在上面的示例中，我们定义了一个名为"html"的快捷元素，它生成一个包含标题、段落和链接的HTML结构。这个快捷元素的前缀是"html"，当你在Atom中键入"html"后按下Tab键时，将会生成这个HTML结构。

4. 保存Snippets配置文件。

现在，当你在Atom中键入"html"后按下Tab键，将会生成你定义的多行HTML片段。你可以根据需要定义更多的自定义HTML片段，并在Atom中使用它们。