在Android中，JNI线程不会并发运行，这是因为JNI层是单线程的，并且所有的JNI方法都是在同一个线程中执行的。如果你想要在JNI中实现并发运行的功能，可以考虑使用Java层的多线程来完成。

下面是一个示例代码，演示了如何在JNI中使用Java层的多线程来实现并发运行的功能：

JNI代码（native-lib.cpp）：

#include 
#include 

// 全局变量
jclass gMainActivityClass;
JavaVM* gJavaVM;

// JNI方法，用于初始化全局变量
extern "C" JNIEXPORT void JNICALL
Java_com_example_myapplication_MainActivity_init(JNIEnv *env, jobject instance) {
    // 获取MainActivity的类引用
    gMainActivityClass = static_cast(env->NewGlobalRef(env->GetObjectClass(instance)));
    // 获取JavaVM实例
    env->GetJavaVM(&gJavaVM);
}

// JNI方法，用于创建线程
extern "C" JNIEXPORT void JNICALL
Java_com_example_myapplication_MainActivity_startThreads(JNIEnv *env, jobject instance) {
    // 创建线程1
    pthread_t thread1;
    pthread_create(&thread1, NULL, threadFunc, NULL);
    
    // 创建线程2
    pthread_t thread2;
    pthread_create(&thread2, NULL, threadFunc, NULL);
    
    // 等待线程1和线程2结束
    pthread_join(thread1, NULL);
    pthread_join(thread2, NULL);
}

// 线程函数
void* threadFunc(void* arg) {
    // 获取JNI环境
    JNIEnv* env;
    gJavaVM->AttachCurrentThread(&env, NULL);
    
    // 在JNI线程中调用Java层的方法
    jmethodID methodId = env->GetMethodID(gMainActivityClass, "doSomething", "()V");
    env->CallVoidMethod(instance, methodId);
    
    // 释放JNI环境
    gJavaVM->DetachCurrentThread();
    
    return NULL;
}

Java代码（MainActivity.java）：

public class MainActivity extends AppCompatActivity {
    
    static {
        System.loadLibrary("native-lib");
    }
    
    // JNI方法，用于初始化全局变量
    public native void init();
    
    // JNI方法，用于创建线程
    public native void startThreads();
    
    // Java方法，用于在JNI线程中执行的操作
    public void doSomething() {
        // 执行一些操作
    }
    
    @Override
    protected void onCreate(Bundle savedInstanceState) {
        super.onCreate(savedInstanceState);
        setContentView(R.layout.activity_main);
        
        // 初始化JNI
        init();
        
        // 创建线程
        startThreads();
    }
}

在这个示例中，我们首先在JNI层创建了两个线程，并在每个线程中调用了Java层的doSomething方法。在Java层的doSomething方法中，我们可以执行一些操作。通过创建多个线程并在每个线程中调用Java方法，我们就实现了在JNI中的并发运行。

请注意，要在JNI中调用Java方法，我们需要获取JNI环境（JNIEnv）和JavaVM实例。在JNI的init方法中，我们通过GetObjectClass获取到了MainActivity的类引用，并使用GetJavaVM获取了JavaVM实例。然后，在threadFunc中，我们使用AttachCurrentThread来获取JNI环境，并使用CallVoidMethod来调用Java方法。最后，在threadFunc结束之前，我们使用DetachCurrentThread来释放JNI环境。

这样，就可以在JNI中实现并发运行的功能了。